Asociace vyšších odborných škol je rozdělena na pět sekcí a oddělení projektů a VŠ.
Jednotlivé sekce jsou odborně zaměřené, řeší podobné problémy a problematiku a vzájemně spolupracují. Některé vyšší odborné školy mají různorodé složení vzdělávacích programů, ale je možné je hledat pouze v jedné sekci.
Ekonomická sekce
Tato sekce zahrnuje širokou škálu vzdělávacích programů. Nabídka začíná podnikáním, účetnictvím, daňovou problematikou, obchodem, marketingem, pokračuje logistikou včetně bankovních a finančních služeb, personalistikou, zahrnuje ale také programy manažerské.
Humanitní sekce
Školy humanitní sekce se vyznačují velkou různorodostí v rámci jednotlivých oborů. Nejpočetnější skupinu tvoří umělecké obory vzdělávání, u nichž je vyžadována talentová zkouška. Zde jsou zastoupeny vedle tanečních, hudebních a hereckých konzervatoří také školy s uměleckými obory, jako je kresba, ilustrace, grafický, interiérový a produktový design, fotografická a filmová tvorba, restaurování, oděvní návrhářství a další. V této sekci jsou i školy zaměřené na právní a veřejnosprávní činnost, publicistiku, mediální komunikaci, informatiku a teologii.
Technicko-zemědělská sekce
Školy této sekce významně reagují zaměřením svých vzdělávacích programů na potřeby trhu práce. Příprava vzdělávacích programů je organizována a realizována povětšinou ve spolupráci s oborově spřízněnými firmami. Díky tomu většina absolventů nastupuje do těch firem, kde odbornou praxi absolvovali v průběhu studia. Tuto sekci tvoří i několik zemědělských škol, které jsou zaměřeny na ekologii, rybářství, potravinářství, zahradnictví, venkovský rozvoj, zemědělské podnikání atd. Tyto školy mají výraznou vazbou na regionální specifika v široké oblasti zemědělství a životního prostředí.
Zdravotnická sekce
Tato sekce patří mezi početně nejsilnější sekce z hlediska členské základny škol, které AVOŠ sdružuje. Většina škol koexistuje spolu se střední školou, a nabízí tak vítanou možnost navazujícího studia zakončeného absolutoriem. VOŠ zdravotnické jsou specifickým segmentem vyššího odborného vzdělávání.
Pedagogicko-sociální sekce
Profil škol této sekce je zaměřen na sociální problematiku (sociální práce, sociální pedagogika atd.) i na oblast vzdělávání budoucích i současných pedagogických pracovníků (vychovatelé, pedagogové volného času apod.).
Oddělení projektů a VŠ
Nesdružuje školy, má ale za úkol nastavovat možnosti spolupráce mezi vyššími odbornými školami a vysokými školami. Do náplně tohoto oddělení patří také mapování možností čerpání mimorozpočtových (grantových) finančních prostředků ať už z rozpočtu krajů, obcí či z evropských grantových opatření.